Den første Skt. Nikolai Kirke var i middelalderen den ene af Holbæks tre kirker. 
Den lå nær ved skibsbroen, nederst på Ahlgade, og var opkaldt efter Nicolaus, biskop af Myra i Lilleasien (død ca. 350), de søfarendes og børns helgen i den katolske kirke. Mod øst lå Vor Frue kirke for landsbyen Labæk. 
Begge kirker blev nedrevet efter reformationen, først Vor Frue og i 1573 Skt. Nikolai. Find mere information om historien om Kirken og Sortebrødreklosteret i menuen til venstre.